SnapGene最新版本是一款非常專業(yè)的生物分析軟件,可對生物分子進(jìn)行研究分析,得出的結(jié)果非常準(zhǔn)確,與驗(yàn)證的結(jié)果幾乎差不多,相差不大,非常適用于生物科學(xué)研究者們使用,便于他們進(jìn)行相關(guān)生物進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究。它支持DNA分析功能,允許用戶創(chuàng)建一個DNA,然后分析DNA里面的各種酶的顯示及數(shù)據(jù)等,得到的生物實(shí)驗(yàn)分析各項(xiàng)數(shù)據(jù)非常詳細(xì),并提供了成對對齊、從Ensembl導(dǎo)入、定向TOPO®克隆、可拖動的不對齊端、AnzaTM酶、比對cDNA的內(nèi)含子注釋等生物研究專家所需要的功能,滿足他們的工作之需。
同時軟件擁有克隆技術(shù),操作很簡單,只需用戶選擇想要融合的DNA片段,即可設(shè)計(jì)引物,是創(chuàng)建無縫基因融合的有效方法。除此之外,本軟件還可以對數(shù)據(jù)進(jìn)行對比,將兩個DNA進(jìn)行分析、對比,看看它們有什么不同之處。這里為用戶朋友們帶來了
SnapGene最新版本下載,有需要的用戶快來這里下載享用吧。
安裝教程
1、運(yùn)行Setup.exe安裝程序,進(jìn)入安裝界面
2、同意軟件相關(guān)許可協(xié)議
3、選擇安裝組件,小編建議默認(rèn)即可
4、點(diǎn)擊install開始準(zhǔn)備正式安裝軟件
5、正在安裝中
6、SnapGene軟件安裝成功,點(diǎn)擊finish退出安裝程序
軟件優(yōu)勢
一、為學(xué)生,博士后和技術(shù)人員帶來的好處
1、工作更快,更聰明
軟件使您的 DNA 操作易于可視化和模擬,并在錯誤發(fā)生之前提醒您。
2、保持記錄不費(fèi)吹灰之力
軟件中的每個 DNA 操作都會自動記錄,因此您可以準(zhǔn)確地看到您所做的操作并檢索祖先結(jié)構(gòu)的序列。
3、隨時隨地學(xué)習(xí)
如果您不熟悉克隆或特定技術(shù),豐富直觀的軟件界面可幫助您了解其工作原理。
4、輕松與世界各地的同事共享數(shù)據(jù)
軟件 的 .dna 文件可以通過免費(fèi)的跨平臺打開,使您能夠與同事共享豐富的帶注釋的地圖和序列。
二、PI 和實(shí)驗(yàn)室管理器的好處
1、更快地獲得結(jié)果
實(shí)驗(yàn)室中的人員將不再使用有缺陷的克隆程序浪費(fèi)時間,并將在第一時間開始獲得正確的構(gòu)造。
2、花更少的時間教人們?nèi)绾慰寺?br />軟件是一個很好的教學(xué)工具,甚至新手克隆人也會很快學(xué)會如何自己解決問題。
使用技巧
限制性克隆的技巧
對于許多應(yīng)用,常規(guī)限制性克隆仍然是最好的方法。一些簡單的技巧將有助于確保您的克隆順利進(jìn)行。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。從長遠(yuǎn)來看,這種方法可以節(jié)省時間。
確保DNA非常干凈。當(dāng)制備載體或切除待插入的片段時,從約2μg的DNA開始。
每次酶促反應(yīng)后,用旋轉(zhuǎn)柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脫DNA,然后進(jìn)行下一步反應(yīng)。(在用凝膠純化DNA片段之前不需要使用旋轉(zhuǎn)柱。)
為了最大限度地提高效率,請盡量減少程序中的步驟數(shù)。例如,將鈍端片段克隆到鈍性載體位點(diǎn)(例如SmaI位點(diǎn))比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點(diǎn)更好。
如有疑問,用凝膠純化DNA片段。更清潔的起始材料將產(chǎn)生更好的結(jié)果。
2、準(zhǔn)備矢量
限制性克隆最常見的問題是在手術(shù)后恢復(fù)起始載體。該問題有兩個原因:載體的不完全消化,以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。
確保載體的消化完成。使用過量的限制酶(約20 U,2μgDNA),消化約4小時。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應(yīng)緩沖液的酶切割,則依次進(jìn)行消化,并在其間進(jìn)行旋轉(zhuǎn)柱純化。
消化載體(并且如果合適的話鈍化),用磷酸酶處理:在37℃下1小時處于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時。
用旋轉(zhuǎn)柱除去磷酸酶。通常不需要對載體進(jìn)行凝膠純化,因?yàn)榱姿崦柑幚頃巩a(chǎn)生的任何額外DNA片段失活。
3、使用載體,確保消化和磷酸酶反應(yīng)完成。徹底和反復(fù)地渦旋混合物,并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉(zhuǎn)以確保管側(cè)沒有留下液滴是個好主意。
準(zhǔn)備插入的片段
為了制備插入的片段,不完全消化不是一個嚴(yán)重的問題,因?yàn)槠蔚牟糠只厥帐强山邮艿摹D梢允褂孟鄬^短的消化時間,對于雙重消化,您可以使用對一種或兩種酶來說不是最理想的反應(yīng)緩沖液。
用凝膠純化插入的片段。除去除不需要的或不完全消化的DNA外,該方法還可去除酶和小分子。當(dāng)用透照儀觀察DNA條帶時,不要使用312nm或更低的短波紫外線,因?yàn)镈NA會受到嚴(yán)重?fù)p害。請改用360-365 nm紫外燈。
如果通過PCR產(chǎn)生插入的片段,則在進(jìn)行任何限制性消化之前用凝膠或旋轉(zhuǎn)柱純化。如果您計(jì)劃將平末端PCR片段(用聚合酶如Pfu產(chǎn)生)克隆到磷酸酶處理的載體中,請確保您的PCR引物含有5'-磷酸。
結(jié)扎和轉(zhuǎn)化
使用磷酸酶處理的載體,進(jìn)行對照連接,其中省略插入的片段。該對照連接應(yīng)該產(chǎn)生非常少的轉(zhuǎn)化體,因?yàn)橹挥协h(huán)狀DNA分子有效地轉(zhuǎn)化大腸桿菌,并且在不與磷酸化片段連接的情況下不能發(fā)生載體的再環(huán)化。
如果DNA僅有粘性末端,則在室溫下連接約1小時。如果DNA具有任何平端,則在室溫下連接約4小時并使用高濃度T4連接酶。
微量制作和診斷摘要
如果您使用插入的片段獲得了比用于對照連接的結(jié)扎更多的轉(zhuǎn)化體,那么您的克隆幾乎肯定會起作用,并且您通常只能制作3-4個小量制備物。
在執(zhí)行小量制備的診斷限制摘要時,始終包括起始向量作為參考標(biāo)準(zhǔn)。
功能特色
1、重疊群大會
線性或環(huán)狀重疊群可以從重疊序列或Sanger序列跡線重新組裝。
2、靈活的對齊
現(xiàn)在可以以各種方式導(dǎo)入要對齊的序列??梢蕴崛《鄠€對齊的一部分以生成新的多重對齊,或者可以編輯現(xiàn)有的多個對齊以添加或移除由不同算法生成的對齊。
3、Nicking Enzymes
可以顯示Nicking核酸內(nèi)切酶。當(dāng)選擇跨越從線性序列的末端到切口核酸內(nèi)切酶位點(diǎn)時,可以通過按Delete刪除該單鏈區(qū)域。
4、點(diǎn)特征
現(xiàn)在,DNA序列支持零長度點(diǎn)功能,并在從GenBank,MacVector或Gene Construction Kit導(dǎo)入文件時識別。
5、酶網(wǎng)站突出顯示
常用的酶位點(diǎn)可以用黃金突出顯示,以便快速識別。
6、協(xié)調(diào)一致性增強(qiáng)
多重比對的共識序列具有改進(jìn)的格式,現(xiàn)在可以復(fù)制或?qū)С觥?br />7、用于與參考序列對齊的存儲編輯
根據(jù)流行的需求,當(dāng)通過調(diào)整比對序列的端點(diǎn)編輯與參考DNA序列的比對時,保留和恢復(fù)那些編輯。
8、從其他文件格式導(dǎo)入功能
可以將特征導(dǎo)入到BED,GFF3或GTF格式的DNA序列中。
9、從UniProt導(dǎo)入
可以從UniProt數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入蛋白質(zhì)序列記錄。
10、進(jìn)口基因組編譯器項(xiàng)目
現(xiàn)在可以在SnapGene中直接打開Genome Compiler項(xiàng)目文件(.gcproj)。對于施工項(xiàng)目文件,在“歷史記錄”視圖中捕獲施工歷史。
11、引物添加日期
將引物添加到文件時,會記錄日期。引物可按添加日期排序。
12、讀取和寫入對齊文件格式可以將對齊導(dǎo)入SAM / BAM和VectorNTI®.cep格式的參考序列,并可以將對齊導(dǎo)出為SAM / BAM格式的參考序列。
13、安全文件管理
將文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系統(tǒng)來存儲和整理文件。
14、TA和GC克隆
通過TA或GC克隆捕獲PCR產(chǎn)物。
選擇傳統(tǒng)的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見,提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
15、網(wǎng)關(guān)®克隆
模擬網(wǎng)關(guān)® BP克隆或LR克隆,或兩者在同一時間。
為方便起見,提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設(shè)計(jì)引物。
16、引物定向誘變
使用誘變引物進(jìn)行定點(diǎn)誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。
17、限制性克隆
可視化克隆過程的所有方面。
如果您已經(jīng)考慮過程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計(jì)缺陷,則可以捕獲并糾正錯誤。
18、限制性站點(diǎn)指標(biāo)
確認(rèn)限制性網(wǎng)站適合克隆。
獨(dú)特性 · 甲基化敏感性 · 特殊性質(zhì)
以粗體顯示獨(dú)特的限制性位點(diǎn),或選擇自動定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
不要被愚弄,因?yàn)橄拗菩晕稽c(diǎn)被Dam,Dcm或EcoKI甲基化阻斷。軟件將自動用星號標(biāo)記該站點(diǎn)。
利用工具提示來避免有問題的限制網(wǎng)站。
19、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質(zhì)序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。
20、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。
標(biāo)準(zhǔn)編輯 · DNA結(jié)束
進(jìn)行插入,刪除,替換和大小寫更改。復(fù)制并粘貼序列時,會自動傳輸功能。
編輯線性DNA序列的末端以添加或去除突出端或磷酸酯。
21、蛋白質(zhì)可視化
查看蛋白質(zhì)序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區(qū)域,站點(diǎn),鍵和序列顏色的顯示。
使用具有相關(guān)特征的1-或3個字母的氨基酸代碼查看蛋白質(zhì)序列。
查看蛋白質(zhì)的分子量,消光系數(shù),等電點(diǎn)和氨基酸組成??梢詫Φ鞍踪|(zhì)的選定部分進(jìn)行相同的分析。
按名稱,位置,大小,顏色或類型對帶注釋的功能列表進(jìn)行排序。復(fù)選框在緊湊或完全展開的顯示之間切換。
查看自動生成的蛋白質(zhì)序列圖形歷史記錄。祖先蛋白質(zhì)或DNA序列可以作為單獨(dú)的文件再生。
22、酶位點(diǎn)
軟件以清晰的方式突出限制位點(diǎn),自動標(biāo)記甲基化阻斷的位點(diǎn)。簡單的控制可以讓你選擇有用的酶組,比如“獨(dú)特的切割器”,或者定義自定義酶組和首選供應(yīng)商。信息工具提示提供關(guān)鍵數(shù)據(jù)?!跋拗泼浮贝翱陲@示了數(shù)百種商用酶的詳細(xì)特性。
軟件亮點(diǎn)
1、為DNA和蛋白質(zhì)序列添加了多個比對工具。
2、實(shí)現(xiàn)了macOS的選項(xiàng)卡式窗口支持。
3、已啟用將CSV格式的數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入集合。
4、為LabArchives ELN添加了文件交換工具。
5、允許的序列跟蹤導(dǎo)出為FASTA和純文本格式。
6、添加了Biotium MW標(biāo)記物。添加了“φ29 – HindIII”MW標(biāo)記。
7、添加了“λDNA – EcoT14I”MW標(biāo)記。
8、添加了Enzynomics MW標(biāo)記。
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